W zaatakowanej przez Niemców placówce w dniach 1-7 września 1939 r. poległo 15 żołnierzy. Czwartek 7 września był najboleśniejszym dniem dla całej załogi. Komendant mjr Henryk Sucharski zorientowany w trudnej sytuacji w kraju i pogarszających się warunkach obrony, po odparciu ostatniego ataku nacierających, podjął decyzję o kapitulacji. Po wkroczeniu Niemców na teren Westerplatte nastąpiło rozdzielenie obrońców.
Rannych odwieziono do Akademii Medycznej w Gdańsku-Wrzeszczu, gdzie ulokowano się w baraku dla więźniów cywilnych, strzeżonych przez esesmanów.
Część nie zmobilizowanych, starszych wiekiem pracowników kontraktowych ulokowano w obozie jeńców cywilnych w Gdańsku-Nowym Porcie.
Pozostałą załogę skierowano do koszar na Biskupiej Górce, a oficerów do Hotelu Centralnego przy Pfefferstadt (ul. Korzennej 79), w pobliżu dworca PKP w Gdańsku. Stamtąd po kilku dniach zostali wszyscy z wyjątkiem radiotelegrafisty Kazimierza Rasińskiego (patrz biogram), rozesłani do stalagów i oflagów, które z różnych przyczyn nie byty jedynym miejscem niewoli jenieckiej. Stalagi i oflagi, w których przetrzymywani byli w różnych okresach westerplatczycy, miały następującą nomenklaturę wojskową:

Oficerowie nie byli zatrudniani, z wyjątkiem lekarza kpt. Mieczysława Słabego, który okres niewoli przeżył pośród żołnierzy, pracując w szpitalu obozowym w Stalagu I A w Prusach Wschodnich. Podoficerowie i szeregowcy zmuszani byli do pracy fizycznej, głównie w rolnictwie, w fabrykach amunicji, sztolniach, przy kopaniu rowów strzelniczych.
Z miejsc internowania zdarzały się ucieczki bądź legalne zwolnienia z powodu utraty zdrowia. Dzięki temu w ich wojenne życiorysy wpisał się udział w ruchu partyzanckim, działalność bojowa w szeregach Wojska Polskiego, jak również zsyłki na Syberię, pobyty w więzieniach i obozach koncentracyjnych. W czasie okupacji zmarło ośmiu obrońców Składnicy.
Po zakończeniu wojny los żołnierzy również nie był jednorodny. Znakomita większość powróciła do kraju i założyła rodziny. Kilkunastu zdecydowało pozostać poza granicami Polski. Wybrali Kanadę, Stany Zjednoczone, Niemcy, Anglię. .Kilku powróciło w rodzinne strony na Wileńszczyznę. W kraju zamieszkali w przeważającej mierze na Kielecczyźnie, w Trójmieście i na Ziemiach Odzyskanych.